Místní obyvatelé tuto přirozenou prohlubeň doplnili o malou hráz, a vytvořili tím dva menší, úžinou propojené rybníky. Ty nicméně nejspíš nikdy nešly zcela vypustit, a navíc je stínil les, a tak později zůstaly neobhospodařované.
Dnes je hráz pod vodou a Ledviny jsou tak opět jedním jezerem. Svůj název si vysloužily díky tvaru, který tento orgán skutečně připomíná. V knihách ho ale nenajdete, používají ho pouze lidé z okolí.
Ledviny jsou v současnosti z hlediska druhové rozmanitosti tou nejzajímavější částí celého souboru pozemků. Voda v nich je tmavá, ale překvapivě čistá. Většina hladiny v létě zarůstá rdestem vzplývavým. Pod hladinou pak roste nenápadný, nicméně stále vzácněji se vyskytující rdest tupolistý.
Ta nejcennější část lokality. I když zjednodušeně mluvíme o „jakubovské kaskádě rybníků“, Ledviny jsou ve skutečnosti jezero. Podle tvaru svahu nad a pod ním se dá vyčíst, že zde v minulosti došlo k rozsáhlému sesuvu vulkanických hornin, za kterým vznikla přirozená prohlubeň, později zaplněná vodou.
Ze živočišných druhů se zde daří třem druhům našich čolků, skokanům hnědým, ropuchám obecným a skokanům skřehotavým.
Vlajkovým druhem této lokality by se pak mohl stát karas obecný.
Jde o druh, který je aktuálně jednou z našich nejohroženějších původních ryb a v roce 2017 byl zařazen na Červený seznam ohrožených druhů – jako kriticky ohrožený. Genetickou studii, která by měla potvrdit, zda opravdu jde o tento druh v jeho původní formě, zajišťuje RNDr. Lukáš Choleva, Ph.D., z Ústavu živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd ČR.
Spolu s karasy doplňují rybí osádku Ledvin hlavně okouni a v menším počtu také líni.